En las divisiones inferiores de la Selección Colombia, Cucho Hernández tuvo una destacada presencia, acumulando 14 partidos en los que anotó 5 goles. Su rendimiento en estas categorías juveniles no pasó desapercibido, especialmente durante la Copa del Mundo Sub-20 celebrada en Polonia. En ese torneo, Hernández fue una pieza clave para su equipo, que llegó hasta los cuartos de final.
Uno de los momentos más memorables de su participación en el torneo fue el triplete que anotó en el partido contra Tahití.
